工程罚款通常应计入“营业外支出”科目。营业外支出是指与企业日常活动无直接关系的损失，例如罚款支出、非流动资产处置损失、盘亏损失等。当企业因违反法规或合同规定而支付罚款时，这笔支出就属于营业外支出的一部分。
具体的会计分录可能如下：
```
借：营业外支出-罚款支出
贷：银行存款
```
如果罚款需要单独支付给甲方，并且不属于增值税应税项目，企业可以开具收据作为入账凭证。如果罚款有责任人赔偿，责任人赔偿的部分应记入“其他应收款”，超出赔偿部分的罚款差额同样记入“营业外支出”。
需要注意的是，工程罚款的入账处理可能因企业会计政策和所在国家或地区的具体税法规定而有所不同。在实际操作中，应遵循当地法规和会计标准进行恰当的账务处理
