养殖合作社虽然有其优势，如能够提供便利的信息和技术服务、提高市场反应能力以及提升农产品科技含量和品质等，但也存在一些弊端，主要包括：
决策困难：
合作社的决策需要所有成员的参与和共识，这导致决策过程变得复杂和缓慢。不同成员之间的意见和利益存在分歧，难以达成一致。
管理不善：
合作社的管理面临挑战，缺乏有效的管理机制和规范，可能出现资源浪费、效率低下、责任推诿等问题。
规模偏小，辐射力有限：
基层养殖合作社一般多局限于一乡一镇甚至一村一组，规模较小，覆盖面不大，带动辐射的区域有限，难以形成优势品牌，对市场的影响力不大。
力量薄弱，抗风险能力不足：
现有农民养殖经济合作组织虽然部分消除了“散兵游勇”式生产经营方式的缺陷，具备一定的抗风险能力，但因为组织较弱小，承受力严重不足，遇到大的风浪容易崩溃。
结构松散，凝聚力不强：
在紧密型养殖经济合作组织中，成员之间的联系不够密切，导致整体凝聚力不强，影响合作社的运作效率和发展潜力。
融资和资金问题：
合作社可能面临资金不足、融资难度大、现金流问题等，这些问题可能导致资金周转困难，影响日常运营和发展。
市场竞争问题：
合作社可能面临市场竞争激烈、产品同质化等问题，导致销售额下降，市场份额缩小。
内部管理问题：
合作社可能面临组织结构不清晰、管理层效率低下、员工团队合作不力等问题，这些问题可能导致决策滞后、资源浪费以及业务运营不顺畅。
公平性问题：
合作社的决策和利益分配可能存在不公平的情况，有些农民可能会获得更多的利益，而有些农民则可能受益较少。
规模和范围限制：
合作社的规模和范围受到限制，难以满足所有农民的需求。
政府关系问题：
在一些地区，合作社可能存在与政府的关系问题，例如政府干预过多或缺乏支持等。
风险问题：
合作社需要正规的制度，但传统合作社面临更大的竞争风险，包括同类合作社的竞争、国内外工商资本抢占市场份额以及上游农资供应商和下游农产品加工和销售企业对合作社经济利益的影响。
综上所述，养殖合作社在运营和发展过程中需要克服这些弊端，才能更好地发挥其优势，提高养殖效益和农民收入。
