代持股份起诉确认股权的过程如下：
提交起诉状 ：当事人首先需要向有管辖权的法院提交起诉状，并按对当事人人数提交相应的份数的副本。法院审查与立案：
法院会进行审查，如果符合立案条件，法院会在七天内进行立案，并会合理安排时间进行审理。
审理时间
普通程序：
如果案件适用普通程序审理，那么从立案之日起，人民法院应当在六个月内审结。这意味着，在大多数情况下，房产确权案件在普通程序下可能需要六个月的时间来完成。
简易程序：若案件适用简易程序审理，则有望在三个月内审结。
二审阶段：
在二审阶段，房产确权案件的审结时间一般为立案之日起的三个月内。
综上所述，代持股份起诉确认股权的时间主要取决于案件审理的程序。普通程序下需要六个月时间，简易程序下需要三个月时间，而二审阶段则通常需要三个月时间。建议当事人根据具体情况选择合适的程序，并耐心等待法院的判决。
