营运车辆扣分处理方式如下：
驾驶人处理
一般违法行为：驾驶人需要在规定时间内到交通管理部门指定地点接受处理，携带本人驾驶证、身份证等有效证件。交通管理部门会根据违法情况作出相应处罚，例如罚款、扣分等。
累积扣分达到12分：驾驶人除了要缴纳罚款外，还需要参加交通法规学习和考试。考试合格后，记分予以清除，发还驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
营运企业管理
驾驶员需确定违章情况：包括违章地点、违章行为等，可以通过交通管理部门的官方网站、手机APP（如交管12123等）查询违章详情。
一般违法行为：驾驶员可携带驾驶证、行驶证到当地的交警大队或车管所处理窗口办理。
累积扣分达到12分：营运车辆驾驶员可能需要重新参加相关的交通法规学习和考试，考试合格后才能重新获得驾驶营运车辆的资格。
处理方式
现场处理：驾驶人可以直接到当地交通管理部门接受处罚，需携带驾驶证和行驶证或复印件。如果涉及罚款，需按照规定的缴纳方式和期限进行缴纳。
异地处理：
通过异地朋友代理：如果违章处有当地朋友，可以直接将违章通知单、驾驶证、行驶证、身份证等证件原件或复印件交给朋友代理办理。双方需签订相关协议，以免产生不必要的纠纷。
通过异地违章代办机构处理：一些车友俱乐部或其他相关经营机构提供异地违章代办服务，但需要注意这些代办机构一般会收取一定的费用。在代办前与车友会或运营机构签订相关协议，以免产生不必要的纠纷。
注意事项
车辆违章和营运证的年审是两个独立的流程，处理违章不影响营运证年审。
驾驶人需要及时查询违章信息，了解违章的具体情况，以便选择合适的处理方式。
建议：
驾驶人应尽快处理违章记录，避免累积扣分达到12分，以免影响驾驶资格。
营运企业应加强对驾驶员的管理，定期进行交通法规学习和考试，确保驾驶员遵守交通法规。
驾驶人可以选择线上或线下方式处理违章，根据自身情况选择最便利的方式。
