资质证的办理部门主要取决于资质的类型和等级。以下是一些具体的办理部门和流程：
三级资质
一般情况下，三级资质可以在公司注册所在地的县建设局办理，部分地市可以直接报市建委。
二级资质
二级资质可以直接去省建设厅办理，除非是部分特殊资质需要直接报建设部。
一级资质和特级资质
一级资质和特级资质需要先报到省厅审核通过后，再报建设部进行审核。
新设立企业
新设立的企业需要先到工商行政管理局办理登记注册手续并取得企业法人营业执照后，再办理相应的资质证书申请手续。
一般流程
企业先到工商行政管理部门办理营业执照；
到企业所在市建设行政管理部门领取建筑业企业资质申请表；
到各属地住房和城乡建设局递送申办企业建筑资质所需的核查申请材料和原件材料；
建设行政主管部门对企业提交的材料进行审批，合格的才能拿到资质证书。
综上所述，资质证的办理主要涉及建设行政主管部门，具体办理流程和所需材料可能因地区和资质类型而有所不同。建议企业提前查询当地建设行政主管部门的官方网站或直接咨询相关部门，以获取最准确和详细的办理信息。
